O instituto Itajaí Sustentável ( INIS ) tem a seguinte estrutura organizacional básica:
I - Direção Geral;
II – Diretoria Executiva;
III - Diretoria de Licenciamento e Fiscalização Ambiental;
IV - Diretoria de Gestão Ambiental;
V - Diretoria de Proteção e Defesa Animal;
VI - Gerência de Fiscalização;
VII – Gerência do Viveiro Municipal;
VIII - Gerência da Unidade de Acolhimento Provisório de Animais
IX - Assessoria Jurídica